Území na soutoku řek Labe, Úpy a Metuje bylo osídleno již kolem roku 40 000 př.n.l. v období mladšího paleolitu. První historicky doložená zpráva o Jaroměři je datována až rokem 1126, kdy na místě kostela sv. Mikuláše stál hrad, založený přemyslovským knížetem Jaromírem. Jako město je prvně připomínáno v roce 1298 za vlády Václava II., kdy bylo hradiště pravděpodobně povýšeno Přemyslem Otakarem II. na královské město, patřící od roku 1307 manželce Vaclava II. Elišce Rejčce jako věnné město českých královen.
V počátcích husitských bouří stála Jaroměř jakožto královské město spravované německým patriciátem na straně krále a císaře římského Zikmunda Lucemburského. Když však dne 6. května 1421 k městu přitáhla husitská vojska v čele s Janem Žižkou z Trocnova, nezbývalo měšťanům nic jiného, než se po třech dnech vzdát a poté se podrobit věrnosti kalichu. Na straně podobojí stála Jaroměř až do osudné bitvy u Lipan. Dva roky po neúspěšné bitvě se opět poddala císaři Zikmundovi, přičemž ten ji roku 1437 daroval své manželce, královně Barboře. Město posílené za husitských válek se nechtělo vzdát svých privilegií a podrobit se královně, která Jaroměř rozhořčeně zastavila roku 1445 Jiřímu z Poděbrad. V upomínku na příkoří způsobené královně dostala Jaroměř nový znak, místo původní dvojí stupnice musela užívat lvici obtočenou trnovou korunou.
Koncem první poloviny patnáctého století byla Jaroměř do základu zničena požárem a nevyhnula se ani v té době nikterak neobvyklým morovým epidemiím. Přesto v období po třicetileté válce, které poznamenalo Jaroměř velkými škodami a ztrátami, tu v období vrcholné renesanční a barokní kultury vzniká řada staveb a uměleckých památek. Renesanční architekturu nám připomíná budova radnice, která byla bohužel v pozdější době přestavěna, a tudíž není slohově jednotná. Velmi silně ale poznamenaly tvář Jaroměře barokní výjevy, ke kterým patří Mariánský sloup nebo socha Plačící ženy na jaroměřském hřbitově, připisovány k dílu sochaře Matyáše Bernarda Brauna a v neposlední řadě i výzdoba gotického chrámu sv. Mikuláše, kde hlavní oltář vytvořil zdejší rodák Matěj Krupka.
V době vlády osvícenských panovníků procházely české země nejen velkými reformami, ale stála tu i hrozba před případnou pruskou expanzí. Panovnice Marie Terezie přišla o Slezsko a Kladsko, kde se nacházela obranná linie
severu českých zemí. Ztrátu slezských pevností musela nahradit výstavbou nových pevností, což znamenalo pro Jaroměř zlomové období, kdy vznikla v nedaleké vesnici Ples pevnost, jejíž výstavba v krátké době začala měnit tvář krajiny a rozsáhlé úpravy poznamenaly zejména koryta řek, přičemž byl také zcela posunut jejich soutok. Dne 3. října 1780 byl položen základní kámen za přítomnosti císaře Josefa II., stavba pak byla dokončena za neuvěřitelných sedm let a slavnostně předána zemskému veliteli v Čechách. V roce 1791, čtyři roky po dokončení stavby, bylo pevnostní město povýšeno na královské svobodné město a o dva roky později roku 1793 byla pevnost Ples přejmenována za císaře Františka II. na Josefov. Josefovský městský znak byl městu udělen Ferdinandem V. 3. března 1836.
Pevnost ve své době představovala jeden z vrcholů pevnostního stavitelství, přesto ji ale nikdo nikdy nenapadl, pruská vojska se jí v roce 1866 jednoduše vyhnula, a tak byla v roce 1888 pevnost zrušena.
V devatenáctém století, v tzv. století páry, se v Jaroměři rozvíjel průmysl a podnikání, což si vyžádalo zlepšení a zdokonalení komunikací. V tomto směru bylo záměrem vybudování železniční trati. Podmínkou vybudování bylo, aby nádraží a část trati byly pod přímou obranou a tudíž palbou josefovských děl. První vlak do stanice Josefov-Jaroměř přijel 27. října 1857 a již 4. listopadu byla zahájena pravidelná doprava mezi touto stanicí a Pardubicemi.
Nejvýznamnější událostí tohoto období je revoluční rok 1848. Jako v jiných městech, tak i zde vzniká národní garda. Revoluční období bylo ukončeno vyhlášením stavu obležení nad celou Jaroměří. Záhy následovalo rozpuštění národní gardy. Josefovská pevnost v těchto letech sehrála nedůstojnou roli, roli těžkého žaláře. 19. století není jen černou stránkou historie Jaroměře. Roku 1885 byla vybudována nová školní budova Na Ostrově a přístupová komunikace s novým mostem přes řeku Labe.
V době po sarajevském atentátu vyhlásilo Rakousko-Uhersko úplnou mobilizaci, Jaroměř byla
zcela přeplněna vojskem za účelem výcviku branců. Průběh studené války a neschopnost rakouských armád na válečném poli se zde odrazily v neustálém policejním dohledu. Konec války byl pak provázen epidemií španělské chřipky. Z jaroměřských občanů, kteří bojovali na bojištích první světové války, jich padlo 218, toto číslo zahrnuje také 38 josefovských. Nesmíme zapomenout ani na zahraniční odboj. 92 mužů vstoupilo do francouzských, italských a ruských legií. Válečná léta nám trvale připomínají dvě nádherné lípy na josefovském náměstí. Byly zasazeny 2. prosince 1914 na počest 66 let trvající vlády Jeho Výsosti císaře a krále Františka Josefa I.
Ihned po válce a vzniku samostatného státu 28. října 1918 se zde ustanovil Okresní národní výbor, důsledkem čehož čeští důstojníci sesadili německé z jejich funkcí. Proto bylo pro jaroměřské občany rozčarováním rozpuštění zdejšího Národního výboru v prosinci roku 1918 a převedení jeho pravomoci na hejtmanství ve Dvoře Králové nad Labem. Jaroměř však i nadále usilovala o postavení okresního města. Částečně byly tyto snahy naplněny zřízením jaroměřského samosprávného okresu, ten však byl již r. 1929 sloučen s politickým okresem královédvorským. Tento stav se změnil až r. 1945, kdy se v říjnu Jaroměř konečně stává okresním městem. 30. června 1960 při reorganizaci státní správy byl tento statut ovšem opět zrušen a území rozděleno mezi okresní úřady v Hradci Králové a Náchodě. Dvacátá léta jsou v Jaroměři provázena bouřlivým stavebním ruchem, který ale na začátku 30. let ochládá a postupně upadá se až do bodu mrazu, kdy je střídán obdobím krize. Přesto meziválečné období obohatilo město nejenom o množství staveb, ale i o řadu umělců přímo spjatých s Jaroměří. Po odeznění krize v druhé polovině 30. let však vyvstává nové nebezpečí, německý fašismus.
První německé okupační jednotky přijely do Jaroměře 15. března 1939 před šestou hodinou ranní. Velitelem města byl ustanoven důstojník wehrmachtu major Konopatzki. Mnoho mužů se nemohlo s okupací smířit, proto se rozhodlo opustit vlast a bojovat za svobodu v cizích zemích. První spojeneckou jednotkou na území našeho města byla americká vojenská mise 8. května 1945, jenže na definitivní osvobození si město muselo ještě pár dní počkat. Jména všech padlých a zemřelých jaroměřských a josefovských občanů nám připomínají bronzové desky umístěné u Památníku osvobození vedle Městského divadla.
Postupné rozrůstání Jaroměře a Josefova vyvrcholilo roku 1948, kdy byla tato dvě samostatná města sloučena v jeden celek. Součástí Jaroměře se staly i bývalé obce Dolní Dolce a Jezbiny. Tento stav byl potvrzen Zemským národním výborem v Praze 19. října 1948.